Das St. Elisabeth-Hospital erhält zum 1. Januar 2006 eine neue Trägerform: Es wird künftig als „Gesellschaft mit beschränkter Haftung“ (GmbH) firmieren. Das Haus folgt damit dem Beispiel einer großen Zahl von konfessionellen Krankenhäusern in Deutschland. Gesellschafterin der GmbH wird neben der Stiftung St. Elisabeth-Hospital Beckum auch die St. Franziskus-Stiftung Münster.

Die zeitgemäße und zukunftssichere neue Trägerform ermöglicht dem Beckumer Krankenhaus vor dem Hintergrund geänderter gesetzlicher Rahmenbedingungen ein flexibleres Handeln als Anbieter von Versorgungs- und Dienstleistungen im Gesundheitswesen. Sie trägt damit erheblich zur Stärkung der Position des Hauses im Gesundheitsmarkt bei. Änderungen für Patienten und Mitarbeiter ergeben sich daraus jedoch nicht.

Die als Mitgesellschafterin engagierte St. Franziskus-Stiftung Münster ist die größte konfessionelle Krankenhausgruppe Nordwestdeutschlands. Verbindung zur Stiftung hat das St. Elisabeth-Hospital bereits über deren Tochterunternehmen Caritas-Trägergesellschaft Nord (CTN), das seit einigen Jahren die Geschäftsführung für das St. Elisabeth-Hospital wahrnimmt. Seither ist das Beckumer Krankenhaus auch in den Wissens- und Erfahrungsaustausch innerhalb der Stiftung eingebunden, etwa in Arbeitskreisen und Foren, im Bereich der Qualitätssicherung und bei regelmäßigen Treffen der Mitarbeitervertretungen.